Struktur Organisasi UIN Sumatera Utara
1. Dewan Penyantun
2. Rektor dan Wakil Rektor (Unsur Pimpinan)
3. Senat Institut (Badan Normatif)
4. Biro Administrasi Umum, Perencanaan dan Keuangan (Unsur Pelaksana Administratif)
5. Biro Administrasi Akademik Kerjasama dan Kelembagaan (Unsur Pelaksana Administratif)
6. Fakultas Dakwah dan Komunikasi (Unsur Pelaksana Akademik)
7. Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan (Unsur Pelaksana Akademik)
8. Fakultas Syari’ah dan Hukum (Unsur Pelaksana Akademik)
9. Fakultas Ushuluddin dan Studi Islam (Unsur Pelaksana Akademik)
10. Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam (Unsur Pelaksana Akademik)
11. Fakultas Ilmu Sosial (Unsur Pelaksana Akademik)
12. Fakultas Kesehatan Masyarakat (Unsur Pelaksana Akademik)
13. Fakultas Sains dan Teknologi (Unsur Pelaksana Akademik)
14. Pusat Penelitian (Unsur Pelaksana Akademik)
15. Pusat Pengabdian kepada Masyarakat (Unsur Pelaksana Akademik)
16. Perpustakaan (Unsur Pelaksana Teknis)
17. Pusat Teknologi Informasi dan Pangkalan Data (Unsur Pelaksana Teknis)
18. Pusat Pengembangan Bahasa (Unsur Pelaksana Teknis)
19. Pusat Pengembangan Bisnis (Unsur Pelaksana Teknis)
20. Pusat Penjaminan Mutu Pendidikan (Unsur Pelaksana Teknis)
Pimpinan UIN Sumatera Utara
Rektor : Prof. Dr. Nurhayati, M.Ag
Wakil Rektor I : Prof. Dr. H. Azhari Akmal Tarigan, M.Ag.
Wakil Rektor II : Dr. Abrar M. Dawud Faza, S.Fil., M.A.
Wakil Rektor III : Prof. Dr. Katimin, M.A.
Wakil Rektor IV : Prof. Dr. H. Muzakkir, M.Ag.
Kepala Biro AAKK : Drs. Ibnu Sa’dan, M.Pd.
Kepala Biro AUPK : H. Khairunas, SH, MH